En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, italia camiseta club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás. Antes de eso, el presidente Fernando Lamikiz, camiseta manchester city había dimitido tras la fuerte pitada que recibió al término de un partido de Liga. En el verano de 2007 se volvieron a celebrar elecciones anticipadas, cuyo vencedor fue Fernando García Macua.